Το Ναυτικό Μουσείο Κρήτης είναι Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου και διοικείται από τον Πρόεδρο και από οκταμελές (8) Διοικητικό Συμβούλιο που εκλέγεται απευθείας από την Γ.Σ.

Στο Δ.Σ. δύναται να συμμετέχουν μετά ψήφου:

α. Ο Αντιπεριφερειάρχης  Χανιών ή εκπρόσωπός του

β. Ο Δήμαρχος Χανίων ή εκπρόσωπός του

γ. Ο Διοικητής του Ναυστάθμου Κρήτης ή εκπρόσωπός του.

Μετά τις Αρχαιρεσίες του Ναυτικού Μουσείου Κρήτης τον Μάρτιο του 2023 σύμφωνα με το καταστατικό, εξελέγη το παρακάτω Διοικητικό Συμβούλιο το οποίο και συγκροτήθηκε σε σώμα.

Διοικητικό συμβούλιο

1.- Πρόεδρος: Πετράκης Εμμανούηλ, Αρχιπλοίαρχος (Μ) ε.α. Π.Ν. 
2.- Αντιπρόεδρος: Λυμπεράκης Νεκτάριος, Υποναύαρχος ε.α. Π.Ν.
3.- Γενική Γραμματέας: Δούκα Ελευθερία, Ιδιωτική Υπάλληλος
4.- Αναπληρωτής Γενικός Γραμματέας: Κελάκης Γιώργος, Ιδιωτικός Υπάλληλος
5.- Ταμίας: Μπινάκης Νικόλαος, Συνταξιούχος

Μέλη:

α.- Τσακαλιάς Δαμιανός, Ανθυποπλοίαρχος (Ε) ε.α. Π.Ν. 
β.- Φωκάς Ιωάννης, Πλοίαρχος (Ε) ε.α. Π.Ν.
γ.- Λαρεντζάκης Μιχαήλ, Ανθυποπλοίαρχος (Ε) Π.Ν.
δ.- Γκινής Ιωσήφ, Επιχειρηματίας

Αναπληρωματικά Μέλη:

Ερηνάκη Μαρία, Συνταξιούχος

Ελεγκτική Επιτροπή:

α.- Χαριτάκη-Μακράκη Χρύσα, Γεωπόνος

β.- Γιακουμάκης Χρήστος, Συνταξιούχος Δημοσίου 

γ.- Χατζηχριστοδούλου Χρήστος, Τραπεζικός Υπάλληλος