Η ανακατασκευή του πλοίου μινωικής περιόδου την οποία απεφάσισε το Ναυτικό Μουσείο Κρήτης, εντάσσεται σ' ένα ολοκληρωμένο ερευνητικό πρόγραμμα Πειραματικής Ναυτικής Αρχαιολογίας, διάρκειας 4 ετών (2001 - 2004), που υλοποιήθηκε σύμφωνα μ' όλους τους κανόνες επιστημονικής δεοντολογίας και με τη χρήση αυθεντικών υλικών, εργαλείων και διαδικασιών της εποχής που αφορά. Το Πρόγραμμα αυτό υλοποιήθηκε στο πλαίσιο συνεργασίας μεταξύ:
α) Του «Ναυτικού Μουσείου Κρήτης»,που είναι ο εμπνευστής και χρηματοδότης οργανισμός του Προγράμματος και,
β) Του «Ινστιτούτου Έρευνας της Αρχαίας Ναυπηγικής και Τεχνολογίας: «ΝΑΥΔΟΜΟΣ»,που είχε τη συνολική ευθύνη Έρευνας, Ναυπήγησης και Διεύθυνσης του Προγράμματος, (με 8-μελή διεπιστημονική Ερευνητική Ομάδα).
Αντικείμενο του συγκεκριμένου Ερευνητικού Προγράμματος, ήταν η ανακατασκευή (ανασύνθεση) μιας ρεαλιστικής - τεκμηριωμένης εκδοχής, ενός κωπήλατου προϊστορικού πλοίου.
Λόγω έλλειψης πρωτογενών αρχαιολογικών ευρημάτων (δηλ. υπολειμμάτων ναυαγίου ενός τέτοιου πλοίου), η έρευνα βασίστηκε σε μια καινοτόμο τεχνοκρατική διαδικασία «Εμπειρογνωμονικής Προσέγγισης» (η οποία έπεται της αρχαιολογικής έρευνας).
Η μέθοδος αυτή, με τη χρήση της ψηφιακής τεχνολογίας και των κανόνων των σύγχρονων φυσικών επιστημών, ερμηνεύει τις δευτερογενείς κυρίως πηγές, σε συνδυασμό με τις βασικές αρχές λειτουργίας του κόσμου μας. (Δηλαδή, τις προϊστορικές παραστάσεις, φυτικές πρώτες ύλες, το τεχνολογικό πλαίσιο της εποχής και τέλος τους κανόνες ναυπηγικής που έστω και εμπειρικά, οι προϊστορικοί ναυπηγοί τηρούσαν μέσω της διαδικασίας δοκιμής και λάθους.)
Πρόγονος αυτής της τυπολογίας πλοίων, θεωρείται η σχεδία που σταδιακά καμπυλώθηκε σε κύτος και στεγανοποιήθηκε εξωτερικά με ύφασμα. Η ναυπηγική εκδοχή που προέκυψε από την έρευνα, απέδωσε ένα πλοίο κωπήλατο, με βοηθητική απλή ιστιοφορία, χτισμένο από διχοτομημένους κορμούς κυπαρισσιού, ραμμένους μεταξύ τους με σχοινιά. Η εσωτερική χωροταξία του πλοίου, σε συνδυασμό με την εργονομία και ανθρωπομετρία του πληρώματός του, έδωσαν ένα υδροδυναμικό, δακρυόσχημο σκαρί, μήκους 17μ. και πλάτους 4μ. περίπου, με εμφανείς «ναυτικές αρετές» για να ανταποκριθεί στις απαιτήσεις του Αιγαίου, όπου το πρωτότυπό του ταξίδευε.
Όλες οι διαδικασίες και φάσεις της ναυπήγησης, μελετήθηκαν σε τρισδιάστατο ψηφιακό μοντέλο, που απέδωσε πολύ σαφή συμπεράσματα για την κατασκευή του πλοίου, καθώς και ακριβέστατη εικόνα της μορφής και των χαρακτηριστικών του.
Στη συνέχεια, η όλη θεωρητική μελέτη εφαρμόστηκε σε στέρεο μοντέλο (1:5), κατασκευασμένο από πεντάμετρα κυπαρίσσια, ώστε να προσομοιωθεί η όλη διαδικασία και να αποκτηθούν περισσότερες βεβαιότητες για τη ναυπήγηση.
Η θεωρητική τεκμηρίωση του Προγράμματος, έγινε μέσα από επιστημονικό συνέδριο, που το Νοέμβριο του 2002 συνδιοργάνωσαν στην Αθήνα (Πολεμικό Μουσείο), το Ναυτικό Μουσείο Κρήτης και η Έδρα Ναυτικής Ιστορίας της Σχολής Ναυτικών Δοκίμων. Στην ημερίδα αυτή, τα μέλη της ερευνητικής ομάδας, ανακοίνωσαν επίσημα τα αποτελέσματα των ερευνών τους, ενώπιον ακροατηρίου σχετικού με το αντικείμενο.
Τα μέλη της διεπιστημονικής ομάδας του Ινστιτούτου "ΝΑΥΔΟΜΟΣ", που υλοποίησαν το πρόγραμμα είναι:
Yποναύαρχος ε.α. Απ. Κούρτης - Λ.Σ., καθηγητής έδρας Ναυτικής Ιστορίας Σ.Ν.Δ. διευθυντής του προγράμματος.(Συνολική μελέτη πλοίου - Ναυπήγηση)
Παντζόπουλος Ιωάννης, Γενικός Γραμματέας Ινστιτούτου Προστασίας Ναυτικής Παράδοσης, υποδιευθυντής του προγράμματος. (Ανάλυση Παραστάσεων)
Στέλλα Κοκκίνη, καθηγήτρια Βοτανικής Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. (Φυτογεωγραφική Τεκμηρίωση)
Αθανάσιος Αναγνωστόπουλος, καθηγητής Ελληνικής Φιλολογίας Πανεπιστημίου Βοστόνης, Διευθυντής "Θησαυρού Ελληνικής Γλώσσας". (Φιλολογική Τεκμηρίωση)
Ιωάννης Λουκάς, καθηγητής έδρας Ναυτικής Ιστορίας Σ.Ν.Δ.(Ιστορική Τεκμηρίωση)
Ιωάννης Γαβρίλης, μοντελιστής Ειδικός Εφαρμογών Η/Υ. (Μοντέλο Κατασκευαστικής Προσομοίωσης)
Τάσος Κατσίκας, ειδικός Ψηφιακής Τεχνολογίας. (Ψηφιακό Μοντέλο Πλοίου)
Νίκος Ορφανουδάκης, Ερευνητής Αρχαίας Τεχνολογίας.(Ανακατασκευή Αρχαίων Εργαλείων)