Το μεγαλύτερο τμήμα του 1ου ορόφου, είναι αφιερωμένο στο Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο. Ξεχωρίζει «Ο Βωμός της Πατρίδος», Φωτογραφίες του μνημείου ανδρών που υπηρέτησαν στα υποβρύχια του Π.Ν. και θυσιάστηκαν επί τω έργω. Το μνημείο βρίσκεται στη βάση υποβρυχίων στον Ναύσταθμο Σαλαμίνος. Η συλλογή επίσης περιλαμβάνει ναυπηγικό εξοπλισμό, εξαρτήματα και όργανα ναυσιπλοΐας (γυροσκοπική πυξίδα, διόφθαλμα κ.α.) από τα οποία άλλα χρησιμοποιήθηκαν την περίοδο του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου και άλλα χρησιμοποιούνται έως και σήμερα.
Γεώργιος Μαριδάκης Πλωτάρχης Π.Ν.(1910-1940)
Έπεσε Ηρωϊκός κατά τη βύθιση του Υ/Β ” ΠΡΩΤΕΥΣ” Συνέπεια Εχθρικής Ενέργειας της 29ης Δεκεμβρίου 1940
Πληθώρα μοντέλων πλοίων (τα οποία έχουν κατασκευασθεί με πρωτογενή υλικά στο εργαστήριο του Μουσείου και αυξάνονται συνεχώς) , εκ των οποίων ξεχωρίζουν το υποβρύχιο Παπανικολής , οι φρεγάτες Βέλος, Μακεδονία και ΤΠΚ Κωστάκος, το Θωρηκτό Missouri ( όπου υπεγράφη η παράδοση της Ιαπωνίας στην Αμερική και ουσιαστικά σήμανε τη λήξη του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου) και το καταδρομικό Alaska. Τέλος αναπόσπαστο κομμάτι της συλλογής αποτελεί η προσομοίωση Γέφυρας Αντιτορπιλικού, πόλος έλξης για όλους τους μικρούς επισκέπτες του Ναυτικού Μουσείου.
Βωμός της Πατρίδος
Φωτογραφίες του μνημείου ανδρών που υπηρέτησαν στα υποβρύχια του Π.Ν. και ετάφησαν στον υγρό τάφο. Το μνημείο βρίσκετε στη βάση υποβρυχίων στον Ναύσταθμο Σαλαμίνος. Παραπλεύρως φωτογραφίες των ανδρών αυτών
Υποβρύχιο «Παπανικολής»
Μαζί με το όμοιό του «Κατσώνης» ναυπηγήθηκαν στη Γαλλία μεταξύ 1926-27. Υπήρξε ένα από τα ενδοξότερα υποβρύχια του Β’ παγκοσμίου πολέμου, με πλούσια ηρωική δράση σε περιπολίες στην Αδριατική με κυβερνήτη τον Αντιπλοίαρχο Μ. Ιατρίδη και αργότερα στη Μέση Ανατολή με κυβερνήτη τον Υποπλοίαρχο Ι. Ρουσσέν.
Αντιτορπιλικό «Αδρίας»
Παραχωρήθηκε από το Βρετανικό Ναυτικό τον Ιούλιο του 1942 και έλαβε μέρος σε συνοδείες νηοπομπών και περιπολίες στη Μεσόγειο με πλούσια δράση. Τον Οκτώβριο 1943 με κυβερνήτη τον Αντιπλοίαρχο Ι Τούμπα κτύπησε σε νάρκη στην περιοχή Δωδεκανήσων και αποκόπηκε η πλώρη του. Μετά από πρόχειρες επισκευές στη κοντινή Τουρκική ακτή κατόρθωσε να πλεύσει 700 ν.μ. φτάνοντας στην Αλεξάνδρεια ανήμερα του Αγίου Νικολάου, παρ όλο που του έλειπε ολόκληρη η πλώρη μέχρι την γέφυρα. Με την είσοδο του πλοίου στο λιμάνι επιφυλακτικέ αποθεωτική υποδοχή από τον Ελληνικό και Συμμαχικό στόλο, σ’ ένα πλοίο που πιστό στις παραδόσεις του Ναυτικού μας, αρνήθηκε να εγκαταλείψει τον αγώνα.
