Με Αυτοκίνητο: Δίπλα στο Φρούριο Φιρκά υπάρχουν δημοτικές θέσεις στάθμευσης. Το Μουσείο βρίσκεται λίγα βήματα μακριά. Ακόμη, για τη Μόνιμη Έκθεση Αρχαίας και Παραδοσιακής Ναυπηγικής, υπάρχει χώρος στάθμευσης στην ανατολική τάφρο.
Με Λεωφορείο: Ο επισκέπτης μπορεί να αποβιβαστεί στις στάσεις των αστικών λεωφορείων των Χανίων, οι οποίες βρίσκονται είτε στη δημοτική αγορά Χανίων είτε στην Πλατεία 1866. Το μουσείο και η έκθεση απέχουν λίγα λεπτά με τα πόδια προς το παλιό λιμάνι.
Από το Αεροδρόμιο Χανίων: Το αεροδρόμιο Χανίων εξυπηρετείται από το Κ.Τ.Ε.Λ. Χανίων. Ο επισκέπτης αποβιβαζόμενος από το λεωφορείο απέχει λίγα λεπτά από το μουσείο και την έκθεση στο Νεώριο Μόρο.