Εποχή Χαλκού: Σημαντικά εκθέματα της μινωικής ναυτικής ιστορίας όπως εργαλεία ναυπηγικής και μοντέλο αντιπροσωπευτικού πλοίου της μινωικής περιόδου.
Εποχή του Σιδήρου: Μακέτες απεικόνισης φάσεων Ναυμαχίας της Σαλαμίνας και της Μυκάλης .Το μοντέλο διήρους, της αθηναϊκής τριήρους, της ρωμαϊκής τριήρους, του πλοίου της Κυρήνειας αλλά και ο χάρτης των μεταγενέστερων στρατιωτικών επιχειρήσεων του Μεγάλου Αλεξάνδρου.