Σκοπός του Ναυτικού Μουσείου Κρήτης είναι:

1. Να επιτελεί τον προορισμό του με βάση τον ορισμό «Μουσείο» που καθορίζεται από το Διεθνές Συμβούλιο Μουσείων (ICOM) δηλαδή ως φορέας νόμιμος και μη κερδοσκοπικός, στην υπηρεσία της κοινωνίας και της ανάπτυξης της, που είναι ανοικτό στο κοινό και που αποκτά, συντηρεί, μελετά, γνωστοποιεί ή επικοινωνεί και κυρίως εκθέτει τις υλικές μαρτυρίες του ανθρώπου και του περιβάλλοντος του με σκοπό τη μελέτη, την εκπαίδευση μόρφωση και την ψυχαγωγία.

2. Να συσφίγγει τους δεσμούς αγάπης, φιλίας και αλληλεγγύης μεταξύ των μελών του και της κοινωνίας καθώς και μεταξύ άλλων αντίστοιχων Συλλόγων, που να τους συνδέει η αγάπη για την θάλασσα στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.

3. Να διατηρεί και να προβάλλει τη διάδοση του Ναυτικού πνεύματος και της Ναυτικής μας παράδοσης στις νέες γενιές ως πηγή εθνικού μεγαλείου και ως πυλώνας στήριξης της εθνικής ανεξαρτησίας και οικονομίας.

4. Να συγκεντρώνει, συντηρεί, εκθέτει και προβάλει πάσης φύσεως αντικείμενα και κειμήλια, που σχετίζονται με τη Ναυτική μας παράδοση και Ιστορία.

5. Να ευαισθητοποιεί τον κόσμο για την ανάγκη προστασίας του θαλασσίου περιβάλλοντος, μέσα από τη γνωριμία με αυτό και τη συνειδητοποίηση της συντελούμενης καταστροφής και αλόγιστης εκμετάλλευσης του από τον άνθρωπο.