Η βιβλιοθήκη του Ν.Μ.Κ ιδρύθηκε το 1973 ταυτόχρονα με την ίδρυση του Μουσείου.

Οι δωρεές φίλων του Ν.Μ.Κ συνετέλεσαν στον εμπλουτισμό της. Ο κύριος όγκος της συλλογής αποτελείται από βιβλία Ναυτικής Ιστορίας διαμέσου των αιώνων. Υπάρχουν βιβλία Ελληνικά και ξενόγλωσσα σχετικά με τη Φιλοσοφία, Θρησκεία, Λογοτεχνία, Ιστορία, Ιστορία της Ελλάδος. Γεωγραφία-Βιβλιογραφίες, Εφαρμοσμένες Επιστήμες, Τεχνολογία, Εγκυκλοπαίδειες. Επίσης υπάρχουν παλαιές και σπάνιες εκδόσεις.

Η βιβλιοθήκη δεν είναι δανειστική.