Το Ναυτικό Μουσείο Κρήτης είναι Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου και διοικείται από τον Πρόεδρο και από οκταμελές (8) Διοικητικό Συμβούλιο που εκλέγεται απευθείας από την Γ.Σ.

Στο Δ.Σ. δύναται να συμμετέχουν μετά ψήφου:

α. Ο Αντιπεριφερειάρχης  Χανιών ή εκπρόσωπός του

β. Ο Δήμαρχος Χανίων ή εκπρόσωπός του

γ. Ο Διοικητής του Ναυστάθμου Κρήτης ή εκπρόσωπός του.

Μετά τις Αρχαιρεσίες του Ναυτικού Μουσείου Κρήτης τον Μάρτιο του 2023 σύμφωνα με το καταστατικό, εξελέγη το παρακάτω Διοικητικό Συμβούλιο το οποίο και συγκροτήθηκε σε σώμα.

Διοικητικό συμβούλιο

1.- Πρόεδρος: Πετράκης Εμμανούηλ, Αρχιπλοίαρχος (Μ) Π.Ν. ε.α.
2.- Αντιπρόεδρος: Μαρκάκης Ιωσήφ, Συνταξιούχος Δημοσίου, Ειδικός Συνεργάτης Αντιπεριφερειάρχη Χανίων
3.- Γενικός Γραμματέας: Σιτζίμης Ιωάννης, Επίκουρος Καθηγητής ΕΛ.ΜΕ.ΠΑ.
4.- Αναπληρώτρια Γενική Γραμματέας: Δούκα Ελευθερία, Ιδιωτική Υπάλληλος.
5.- Ταμίας: Μπινάκης Νικόλαος, Συνταξιούχος.

Μέλη:

α.- Δαμιανός Τσακαλίας, Ανθυποπλοίαρχος (Ε)Π.Ν. ε.α.
β.- Δρακάκης Χαράλαμπος, Αντιπλοίαρχος (Ε)Π.Ν. ε.α
γ.- Καραμπουρνιώτης Παναγιώτης, Συνταξιούχος Ε.Ν.
δ.- Κελάκης Γιώργος, Ιδιωτικός Υπάλληλος

Αναπληρωματικά Μέλη:

α. - Ερηνάκη Μαρία, Συνταξιούχος

β. - Γκινής Ιωσήφ, Επιχειρηματίας.

Ελεγκτική Επιτροπή:

α.- Γιακουμάκης Χρήστος, Συνταξιούχος Δημοσίου.
β.- Χαριτάκη-Μακράκη Χρύσα, Γεωπόνος.
γ.- Χατζηχριστοδούλου Χρήστος, Τραπεζικός Υπάλληλος.